La band venne fondata nel 1992 a Kansas City da 4 ragazzi: il cantante Wes Scantlin, il chitarrista Jimmy Allen, il bassista Kenny Burkett e il batterista Sean Sammon. Nel 1994 pubblicarono per l'etichetta indipendente V&R Records il loro primo EP, Stuck, che ottenne buoni riscontri solamente a livello locale. Per la stessa etichetta pubblicarono nel 1999 il loro secondo lavoro, Abrasive, avente un sound più grunge.
Tra la pubblicazione dei due album autoprodotti, i Puddle of Mudd presero una pausa, durante la quale Scantlin si impegnò a promuovere la sua musica. La fortuna volle che una copia del demo arrivò tra le mani di Fred Durst cantante dei Limp Bizkit. Durst dopo aver ascoltato il demo ne rimase impressionato, tant'è che decise subito di contattare Scantlin, venendo così a sapere che la band nel frattempo si sciolse. Ma Durst non perse tempo ed invitò Wes a Los Angeles per aiutarlo a metter su una nuova formazione. La nuova formazione vedeva Wes Scantlin alla voce ed alla chitarra, Doug Ardito al basso, Paul Phillips alla chitarra solista, ed infine il batterista Greg Upchurch.
Nel 28 agosto 2001 i Puddle of Mudd pubblicarono il loro primo album con una major Come Clean con l'etichetta di Durst, la Flawless. L'album vendette 100.000 copie durante la prima settimana e, trascinato dai singoli Control (aggiunta anche come theme song WWE Survivor Series 2001"), Blurry, She Hates Me e Drift & Die, vendette più di 5 milioni di copie in totale. Blurry, il loro secondo singolo dello stesso album e probabilmente la loro canzone più famosa, riuscì ad arrivare in quinta posizione della Billboard Hot 100 ed ottava nel Regno Unito. È stata usata anche nel gioco Ace Combat 5. Drift & Die fu distribuita come terzo singolo e fu un altro grande successo, posizionatasi per sei settimane al numero 1 della Mainstream Rock Chart.
Nel giugno 2002 cominciarono un tour europeo affiancando i Korn e esibendosi anche nel loro finora unico evento live in Italia. Fecero parte anche del Family Values tour 2001, insieme a Stone Temple Pilots, Linkin Park e Staind.
Dopo un lungo tour americano, nel 2003 i Puddle of Mudd pubblicano Life on Display che vende circa 900.000 copie, grazie anche ai singoli Away from me, Heel over head e Spin you around. Away From Me fu usata anche in The O.C. nel 2004. La canzone Nothing Left to Lose invece fu la theme song della WWE 2004 Royal Rumble.
Nel settembre 2004 i Puddle of Mudd si esibirono in Iraq, in un ex stadio di calcio davanti alle truppe americane impegnate in quell'area.
Nel 2005 Greg Upchurch e Paul Phillips lasciarono la band (Upchurch entrerà a far parte dei 3 Doors Down, mentre Paul Phillips entrerà a far parte degli Operator) e dopo vari avvicendamenti vennero sostituiti rispettivamente dal batterista Ryan Yerdon e dal chitarrista Christian Stone.
Nell'ottobre 2007 i Puddle of Mudd hanno pubblicato il loro quinto album, dal titolo Famous. Da questo disco verranno estratti ben 4 singoli. Il primo (che dà anche il titolo all'album) è Famous,seguito da Psycho (che ha avuto un discreto airplay anche in Italia),dalla ballad We Don't Have to Look Back Now ed infine da Livin' on Borrowed Time.
La canzone 'Famous' è stata usata come theme song per il PPV della WWE ECW One night stand del 2007 ed è presente nel gioco targato WWE Smackdown vs Raw 2008.
Il 2009 vede la fuoriuscita dalla band di Christian Stone, e segna il ritorno di Paul Phillips alla chitarra. Nel dicembre dello stesso anno uscirà il nuovo album Volume 4: Songs in the Key of Love and Hate, anticipato dal singolo Spaceship. Gli altri due singoli estrapolati dal disco sono Stoned e Keep It Together. Il disco ha venduto sinora intorno alle 100.000 copie.
Nel giugno 2010 il bassista Doug Ardito lascia la band dopo 10 anni di militanza. Al suo posto subentrerà Damien Starkey (ex cantante dei Burn Season).
Nell'ottobre 2010 i Puddle of Mudd hanno pubblicato una raccolta, ovvero il loro Best Of, con 12 brani tra cui Blurry, Control, Famous e altri.