La band è nata nel 2002 dall'incontro del chitarrista Mark Jansen (ex After Forever) e della cantante Helena Michaelsen ai quali si sono aggiunti Jeroen Simons (Cassiopeia) alla batteria, Coen Jansen alle tastiere, Ad Sluijter alla chitarra e Yves Huts (Axamenta) al basso. Inizialmente la band prese il nome di "Sahara Dust".
Simone Simons e Mark Jansen (in secondo piano) durante un concerto
Mark Jansen durante un concerto

Nel novembre del 2002 venne registrato un demo intitolata Cry for the Moon, della quale furono rilasciate solo 100 copie nel gennaio 2003, e che conteneva solo due canzoni: Cry for the Moon e Illusive Consensus.

Dopo l'uscita del demo, Helena Michaelsen uscì dalla band e fu sostituita da Simone Simons.

« Use your illusion and enter my dream »

Nel marzo 2003 Mark decise di cambiare il nome della band in Epica, in onore all'omonimo album dei Kamelot, e nel giugno dello stesso anno venne rilasciato il loro primo album: The Phantom Agony, dal quale sono stati estratti tre singoli: The Phantom Agony, Feint e Cry for the Moon. Dei primi due singoli sono stati girati anche i video.

Lo stile musicale dell'album si può definire come un symphonic metal caratterizzato da sfumature gothic.

Nell'ottobre 2004 la band rilascia il CD+DVD We Will Take You With Us, che contiene un'esibizione della band con il coro e l'orchestra, due performance acustiche di Feint e di Run for a Fall, un documentario e l'inedito Memory, cover del famoso brano tratto dal musical "Cats".

« We must return to the laws of the nature / Free ourselves from madness »

Dopo il successo del CD e del DVD, la band torna in studio, e il 21 aprile 2005 esce Consign to Oblivion, il loro secondo disco, ispirato ai Maya, a cui segue il 10 maggio il singolo Solitary Ground, accompagnato dal relativo video musicale.

Consign To Oblivion ottiene più successo dei precedenti e presenta anche delle sfumature power.

Nel cd è presente un duetto con Roy Khan, cantante dei Kamelot.

« Il concept dell'album parla di come oggi le persone si preoccupino solo di loro stessi e non si curino della natura che peggiora e degli altri. Conta solo l'economia e un bilancio annuale buono. C'è più al mondo che questo! Dovrà esserci un cambiamento radicale in questi vecchi ragionamenti arrugginiti, altrimenti ci aspetta un drammatico futuro. Mi piace vedere il lato positivo delle cose, penso che la lezione verrà recepita, ma deve accadere in fretta! »

Il 15 settembre 2005 esce già un terzo disco: The Score - An Epic Journey, colonna sonora del film, Joyride. Il 21 ottobre è la volta del singolo Quietus (in due versioni), che, nonostante sia uscito dopo il rilascio di The Score, e la versione della canzone assomigli alla "Score version", è un estratto dell'album Consign to Oblivion.

Nel maggio 2006 esce l'audiobook The Road to Paradiso, un libro che racconta la storia della band da quando aveva ancora il nome di Sahara Dust fino al loro entusiasmante concerto al Paradiso di Amsterdam. Nell'audiobook sono presenti anche due canzoni inedite: The Fallacy, dalle tinte elettroniche e dance, e Purushayita, canzone d'ispirazione new age e ambient.

« The Divine Conspiracy / Opens up reality »

Dopo aver cambiato etichetta, la band rientra in studio per il nuovo album.
Il 28 agosto 2007, (7 settembre per l'Europa), esce il disco The Divine Conspiracy, che segnala una svolta nello stile della band.
Simone Simons e Mark Jansen durante un concerto

Il sound degli Epica si evolve assorbendo influenze estreme black metal e death metal.

« Il concept di The Divine Conspiracy riguarda la teoria che il protagonista ha rivelato: l'idea è basata sulla teoria per cui, come prova, Dio creò tutte le diverse religioni e le diede agli uomini per vedere se fossero in grado di comprenderne la vera natura, capendo che tutte le religioni sono da ricondurre a una sola. L'umanità lo capirà o continuerà a uccidere le persone che lo comprendono? »

A causa dello stato di salute della cantante Simone Simons, la band ha dovuto cancellare le date in Messico e in Colombia, oltre che quelle inglesi,del tour mondiale 2008. Riguardo a ciò i restanti membri della band hanno rilasciato ai media:
« Dopo un paio di settimane di riposo stavamo veramente sperando che la situazione di Simone fosse già migliorata. Purtroppo la MRSA è ancora presente e l'infezione non si è fermata. Abbiamo la sensazione che la salute di Simone stia migliorando, ma non ancora abbastanza. Non possiamo rischiare la salute di Simone perciò, col dispiacere nel cuore, non possiamo venire in Messico e Colombia. Anche i tre show inglesi sono cancellati per lo stesso motivo. È impossibile per Simone fare lunghi viaggi. Come potete immaginare, siamo molto addolorati per questa decisione, anche perché abbiamo già posticipato il tour messicano/colombiano, ma speriamo che rispettiate la nostra decisione. Avete la nostra parola che torneremo il prima possibile. Sfortunatamente non possiamo dire quando, speriamo prima della fine dell'anno. »

La canzone Chasing The Dragon è stata inclusa nella colonna sonora del film In the Name of the King.

Gli Epica sono stati tra gli artisti che si sono esibiti durante la prima giornata del Gods of Metal, sabato 27 giugno 2009 allo Stadio Brianteo di Monza.

Il 14 giugno 2008 la band olandese fece un live al Miskolc Opera Festival, in Ungheria, a seguito della quale, l'8 maggio 2009, venne pubblicato The Classical Conspiracy, il live album del concerto. La differenza sostanziale tra gli altri live quest'ultimo è che nel concerto eseguito in Ungheria vennero suonati, oltre ad alcune canzoni degli Epica, molti arrangiamenti di brani classici e colonne sonore. La band ebbe infatti la possibilità di esibirsi con un'intera orchestra. In Italia ci furono diversi attacchi all'album, che volevano quest'ultimo riregistrato in studio per le parti vocali, polemica poi smentita dalla band.

Gli Epica hanno realizzato una reinterpretazione del brano Nothing's wrong del gruppo punk olandese De Heideroosjes presente nel cd Ode & Tribute della stessa band.

« Don't forget you're able to / Design your universe »

L'album Design Your Universe è uscito il 16 ottobre 2009 ed in esso continua il mini-concept A New Age Dawns; nel CD è presente anche un duetto con Tony Kakko, cantante dei Sonata Arctica. L'album è anche il primo in cui suona il chitarrista Isaac Delahaye, entrato stabilmente nel gruppo come sostituto di Ad Sluijter.
Isaac Delahaye durante un concerto

In questo album la chitarra è posta in primo piano rispetto agli altri strumenti, con maggiore frequenza di assoli ed un sound ancora più duro e aggressivo, ricco di influenze death, black e thrash.

L'album riceve moltissimi consensi e recensioni inneggianti al capolavoro assoluto, tanto da venire considerato da molti il migliore degli Epica.

Riguardo al tema principale dell'album, Mark Jansen si è espresso così:
« ha a che fare con nuove scoperte nel campo della fisica quantistica. Dimostra che siamo tutti legati l'uno all'altro a livello subatomico. Dimostra anche che possiamo creare o almeno influenzare la materia coi nostri pensieri. È una rivoluzione, la visione del mondo crolla una volta accettati questi dati e li si integra nelle proprie vite. »

Il primo singolo estratto è Unleashed, il cui video musicale è stato pubblicato il 25 settembre

È stato anche girato un DVD live a fine ottobre, al Metal Female Voices Fest in Belgio.

Gli Epica hanno vinto ai Metal Symphonique Award ben tre premi: Miglior album (Design Your Universe), miglior band e miglior performance live; ma questa è solo una delle molte acclamazioni della critica: secondo Mindview, Design Your Universe è il miglior album in assoluto del 2009, mentre secondo Lords Of Metal è il secondo.

Il 19 novembre sono stati rilasciati il video ed il singolo per This Is the Time, il cui ricavato sarà devoluto in beneficenza al WWF.

Nella parte europea del tour, gli Epica sono stati supportati dalla band symphonic metal Amberian Dawn e dal gruppo symphonic metal/progressive metal Sons of Season.

Nella parte Americana del tour, gli Epica sono stati supportati da tre band death metal: i Daath, i Threat Signal ed i Blackguard.

La Nuclear Blast ha annunciato che il tour americano degli Epica è stato uno dei più riusciti dell'etichetta.

Dopo il grande successo del tour nord-americano, gli Epica hanno deciso di tornare oltreoceano con 24 nuove date a partire da novembre 2010, supportati da: Scar Symmetry, Blackguard, Mutiny Within e The Agonist.
Nella seconda parte del tour europeo, invece, gli Epica sono stati supportati dai ReVamp e dai Kells.
Infine, nell'ultima parte del tour mondiale, i supporter sono stati i MaYaN.

Gli Epica, durante il tour 2010, hanno partecipato e parteciperanno a moltissimi festival musicali, tra cui il Pinkpop Festival, lo Sweden Rock Festival, il Durbuy Rock Festival, il Summers End Open Air festival, l'Alcatraz Metal Fest, l'Open Mind Festival, il Master of Rock Fest, il Metal Camp, il Toulouse Metal Fest, il Metal Fest Open Air, l'Hammerfest, l'Autunnonero Festival ed il Metal Female Voices Fest 2010; quest'ultimo da headliner assieme ad Arch Enemy e ReVamp. Durante il Metal Female Voices Fest gli Epica hanno fatto uno show speciale dedicato alle canzoni di The Phantom Agony, in ricordo del vecchio sound. Alcune canzoni sono state anche modificate e riproposte in una veste dance metal.
Gli Epica hanno anche partecipato al 70000 Tons of Metal Cruise: un festival metal a bordo di una nave da crociera, che ha solcato l'atlantico andando da Miami a Cozumel

Gli Epica sono stati tra gli artisti che si sono esibitial Gods of Metal 2011. La band ha in seguito annunciato che il nuovo album uscirà il 9 marzo 2012 e si chiamerà Requiem For The Indifferent..